設校不久即經921震災挫折的暨大，積極整建校園，更致力營造自然生態與環境平衡。綠色大學(green university)國際共通意義即是永續發展，代表高等教育社會責任，大學應不斷審視內外環境，擬定策略與行動，降低環境衝擊。

       暨大設校之初即完成生活污水處理及水資源再生設備，震後重建更追求自然和諧之道，積極建置太陽能集熱系統、照明能源管理系統，多年來水電用量不成長，落實環境安全衛生，推動ISO14001全校環境管理認證；配合綠建築規範，校園綠覆率高達88％，更推動環教節能減碳，2009年即簽署「塔樂禮宣言」，參與校際綠色聯盟等。

       暨大位處豐富歷史的水沙連邵族等原民聚集地，更有噶哈巫族、巴宰族等平埔族群；2014年設原民專班，讓學生以部落視角學習，例如從種小米中探討傳統文化、歲時祭儀、體驗人與自然平衡；更建有賽德克族穀倉、泰雅竹屋、魯凱石板屋等，師生動手實作體現先民智慧。

       921震災後，在與地方同生共學的無邊界大學理念下，積極參與社區營造，如埔里桃米生態村、籃城農村再生等；開設生態城鄉、綠色環保等通識課程，例如2013年建置「暨鷺農場」友善農業實作、做部落生態調查、生物棲地維護及手作步道等，整合水沙連大學城永續發展，期待影響鄰近中小學、社區、社會，甚至國際。