1999年9月21日凌晨1:47的921地震，在暨大所在的埔里鎮受災嚴重，當然也造成學校聯外道路入口邊坡崩落、行政大樓、綜合教學大樓、科技學院等各棟建物非結構物與部份結構物損害，師生經歷沒水沒電沒瓦斯、通訊中斷及管線破裂等慘況。

       地震後，9月30日暨大委託臺灣省結構工程技師公會、邀集台北市結構工程技師公會、各棟建築物原規劃設計建築師於10月5日來校勘驗鑑定主體建築物、水電消防空調等各項災損，並函報教育部派員主政；請各建築師提出震災損害調查報告書及修復計畫書時需與結構工程技師公會密切配合。

        所幸暨大創校建設不久，在進行台21線、四果坑聯外道路邊坡整治及建築物結構補強復建後安全無虞。綜合教學大樓外牆因震損而補強的鋼構，還刻意漆上鮮明的土耳其藍，正是在銘印紀念著921地震。也為回應外界關心，於2000年3月4日校舍修復、師生重返校園後， 特別召開記者會讓地方人士安心。