921地震後，除了原有的「巫永福文庫」館藏回到埔里鎮圖外，也陸續受贈或採集到多項珍貴的地方文獻、文物，因此埔里鎮圖的金點子重建計畫，獲得當時的文建會大力補助下，在四樓闢設「埔里文庫」，規劃設置了「福爾摩沙文學桂冠巫永福紀念文庫」（圖2）、「藍紅綠文學傳奇陳春麟紀念文庫」、「埔里小鎮醫生李長紀念文庫」（圖3）、「日興商店特藏區」（圖4） 、「埔里寫真達人李百祿紀念文庫」（圖5）、「陳慶祥醫師紀念診間」等常設展區，為兼具典藏、展示及閱讀地方文學、文史、文化的寶庫。

目前隨著埔里文庫的館藏越來越豐富，已進一步將徵集的藏品與史料逐步建置數位化保存資料庫，更設立「埔里影像故事館」臉書專頁，創新將鄉土歷史分享到數位平台上閱讀的新方式。