2006年2月28日為921震災暫行條例終止的日期，所有的重建都要告一段落，回歸到常規的生活，菩提長青村發現社區內有許多長輩，因為921地震後家人過世，無法正常回到家園中生活，於是與暨南大學合作，提出「菩提長青 希望之村」老人照顧綜合園區實驗計畫，希望透過實驗計畫的方式，讓長青村能夠繼續保留組合屋，讓原有居住於社區內的長輩，能夠繼續在社區中生活。

       921震災重建暫行條例終止後，依法所有的組合屋都必須要拆除，原先居住在組合屋內的居民，也都必須要回到自己的家園中生活。當時菩提長青村內所安置的長輩尚有50多位是無家可歸的，若是依法將組合屋拆除後，這些長輩將流離失所無處可去。此外，國立暨南國際大學在陪伴長青村重建的過程中，也發現長青村對於高齡照顧的社區營造，已經發展出一套本土化的照顧經驗，有延續進行實驗研究的價值。

       因此，自2005年中開始，暨大與長青村積極以實驗園區的方式，向各級政府爭取在重建暫行條例終止後，長青村仍然可以原地保留，繼續進行實驗研究的工作。最終，由暨大以實驗計畫的方式，出面向台糖公司租用土地，並交由長青村繼續經營，此時期的實驗計畫為「菩提長青希望之村老人照顧綜合園區實驗計畫」，為期共三年。