佛教慈濟慈善基金會於921地震後，啟動希望工程的校園重建計畫，埔里國中與埔里國小都是希望工程計畫中，慈濟基金會協助重建的學校。兩間學校的重建工程，同時於2000年7月3日舉行重建開工動土典禮，動土典禮由慈濟的證嚴上人親自出席，也代表慈濟921校園重建希望工程的開展，該場典禮由鄧相陽於1999年9月所拍攝。整體的希望工程，埔里國小於2001年11月29日、埔里國中於2001年9月30日完工。

       2000年4月8日慈濟基金會舉行希望工程的點燈儀式，希望全台各地受損的校園，能夠在慈濟的協助之下完成重建的工作。慈濟的希望工程不僅是校舍的重建而已，而是在證嚴法師的「整體規劃、整體設計」的理念下，依據埔里國小、埔里國中的特色進行重建的設計、規劃與興建，為校園增添美育與藝術的人文精神。

       2000年7月3日，由證嚴法師親自主持動土典禮，宣示兩所學校將由慈濟在希望工程的理念下進行校園的重建工作，提早讓學童能夠重新回到嶄新的校舍中學習。