國姓鄉北港國小毀於1999年921大地震，災後緊急借用香菇寮復課。經台灣電視公司捐款認養，由慈濟基金會援建，新校舍於2 001年11月竣工。
重建校園承襲傳統，和社區連體不分，學童接送區依然在校門側邊的北梅客家文物館前；上課時間學校大門緊閉，從北梅文物館旁還是能自由出入，學校和社區就是一家子。在北港國小學習的60多名學生都很安心，就因校門隨時都有婆婆媽媽們活動兼看門。
新校園從校門口的林蔭步道到後山原始綠林，有如一條渾然天成的風景線，校舍鋼骨的堅固結構，圓弧造形的動向規劃，都給學子們最安全理想的向學環境。中段挑高的風雨教室則是社區和學生表演的廣場，再次讓社區和學校結為一體。再配合數十年的老鳳凰樹活化校園空間，把只有一公頃不到的北港國小，建構成高度綠化卻小而美的教學園地。
北港國小鄰近北港溪糯米古橋，創校之前只是個講習所，學生在茅草教室上課，校長在養蠶室辦公； 1962年創校後就成了北港村的文教中心，建制了和社區農家緊密互動的關係。
