埔里基督教醫院於921地震時，院內的主要醫療大樓，因為受到地震災害緣故，不僅導致醫療大樓外牆磁磚剝落、樑柱及牆面傾斜，醫療大樓內部也是受損嚴重，許多樓層的天化版，因為主建築物受損之故，天花板也都掉落，院內空間殘破不堪。圖為鄧相楊先生於1999年所拍攝

醫療大樓院內各樓層因為天化版受損的原因，導致許多醫療設施設備，也受到天花板掉落後的撞擊而受損，讓埔里基督教醫院整體的硬體設施設備，因為受到地震的關係受損嚴重。所幸當下值班醫護人員優先將尚可使用之醫療設施設備，搬遷至院外帳篷搭建的臨時醫療區，讓埔里基督教醫院的醫護人員，能後繼續提供緊急醫療服務。

災後各界社會捐款的湧入，協助埔里基督教醫院進行重建，讓埔里基督教醫院能夠在原址重建災後受損的大樓，繼續在大埔里地區提供民眾醫療照顧服務。