921地震發生時，不僅街區民宅受到地震嚴重毀損，位於埔里地區的重要醫療機構埔里榮民醫院，也因為地震的威力，醫院建築物樑柱及外牆受到嚴重毀損，當時第一線的醫療救災工作，無法持續在醫療大樓內進行，需要移往醫療大樓外的臨時帳篷區，進行災難傷患的緊急治療工作。

埔里榮民醫院的醫療大樓，因為受到地震的強烈災害，使得外牆磁磚剝落、圍牆倒塌、樑柱受損，醫療救護人員無法繼續在接近危樓的醫療大樓進行醫療工作。但因為當時災區有大量的傷患湧入，也讓埔里榮民醫院的醫護人員必須先放下醫院的搶救工作，必須先避開危樓可能造成的第二次危害，先於臨時緊急救難的帳篷區進行傷患診治。

在此次的地震災害中，埔里榮民醫院除了醫療大樓的建築體受到嚴重毀壞外，院內的診間、醫療硬體設備也受到嚴重毀損，災後投入上億元的重建經費，重建醫療大樓與購置診間所需醫療設備，並於2001年4月重新回到重建後的醫療大樓內，繼續進行醫療工作，並持續照顧災區民眾的生理健康。