三峽清水祖師廟正式名稱為「長福巖」，初創於1796年（乾隆34年），歷經多次重修。1895年（光緒20年）乙未割臺時遭日軍破壞。1945年（昭和20年，民國34年）二戰結束之後，由當地著名畫家李梅樹規劃重建。其設計吸收了許多艋舺龍山寺及北港朝天宮的建築特色。

        正殿左右護室屋頂上樹立鐘鼓樓，東鐘西鼓，與艋舺龍山寺一樣採取六角形樓閣，屋頂有三重簷。李梅樹設計時，請來陳應彬的曾孫陳次武與陳朝洋幫忙繪製建築圖、承作，因此鐘鼓樓帶有濃厚的彬司派色彩。

        它的平面為扁六角形，寬面對著天井，與艋舺龍山寺不同的是提高了裝飾強度，例如六根石柱皆雕花鳥，十二個吊筒皆雕花籃，簷下水車堵可見豐富的剪黏及交趾陶，十八條屋脊佈滿飛龍，擁護最高七級寶塔，裝飾的熱鬧程度遠遠超越艋舺龍山寺。