盧加閔醫生抵達台灣中部，開啟台灣中部基督教醫療的曙光。

1890年2月25日（清光緒拾陸年），甘為霖牧師陪同與盧加閔醫生到彰化來，評估何處適合設立醫館。當時希望能包含禮拜堂、宣教師宿舍、醫館醫生宿舍。但因彰化教會（1886年由甘為霖牧師開拓設立）空間不足，轉往岸裡（今豐原神岡區）的大社教會（也是甘為霖牧師開拓設立），評估設立醫館的可能性與相關事宜。

1890年4月28日，「大社醫館」正式成立，有診療所、住院病房等設施，約可容納30名病患。盧加閔醫生同時也在彰化市總爺街（今成功路）設立據點，定期來彰化門診。兩處醫療據點都因盧加閔醫生的熱情與醫術，病患日增。

但因為只有他一人，勞累過度致使身體抵抗力減弱，於1892年4月23日出現感染傷寒的嚴重症狀。消息傳到台南，安彼得醫生（Dr. Peter Anderson）和涂為霖牧師（Rev. William Thow）北上來照護他。兩個月後盧加閔的病況沒有好轉，眾人決定送他去台南新樓醫院，6月30日由彰化出發，兩天後抵達嘉義時，盧加閔醫生的病況突變劇烈，7月3日清晨6點30分他平和安祥的別世，享年25歲又八個月。

他病危時說：「親愛的主，如果認為我的工作已經完成，遣我離開，我亦歡喜等候召喚。」他也說：「我若死在彰化，要把我埋葬在大社，因為我的工作在那裡。」