左營聖徒教會成立於民國五十五年（1966），左營眷村的孫鎮南先生是基督徒，與台北的台北基督徒聚會處的長老（註：長老一詞，出自聖經，是指對耶穌基督擁有絕對的信心，熟讀聖經，能以上帝透過聖經傳給人的教導，以及上帝指示給他的權柄，教導、督責眾人，為教會治理及傳遞信仰真理的信徒領袖）有許多來往，常常分享核心的信仰體會，所以建立了與基督徒聚會處間教會的連結。

孫鎮南長老有感於當時左營有許多軍人，眷村裡的年輕一代需要有人關心，眷村周邊的基督徒也需要有聚會的地方，因而要創立教會時，依據聖經以弗所書第一章15節：「信從主耶穌，親愛眾聖徒」的思想，將教會命名為「左營聖徒教會」，雖然與基督徒聚會處不同，實則信仰基礎相同，以培養教會的年輕人成為聖徒的意涵。

教會草創時除了孫鎮南以外，還有陳立芬弟兄、董沐曾弟兄、羅香屏弟兄、劉甫鈞弟兄、史化人弟兄、鄭本基弟兄，共七人共同發起建立左營聖徒教會。在孫鎮南長老安息之後，教會先後由何思敬長老、石克信長老接棒，他們相繼安息後教會現在由何保羅長老和李天昊長老一起負責。目前的教堂建築是在民國八十五年（1996）於孫神光長老、孫禮光長老全程的監造下完成的。