1999年921大地震，造成鎮上許多學校傾倒殆半。震後，政府與民間團體協力合作，進行「九二一震災校園重建工程」，當時民間團體發起「認養災區中小學重建計劃」，認養重建108所，期望美麗校園從瓦礫堆中重新再站起來，其中慈濟慈善事業基金會認養的數量最多，多達51所，埔里國中便是其中之一。埔里國中的重建工程從地震隔年便開始，在新校舍完工之前，全校師生是在簡易教室上課，完工後便拆除簡易教室。
1999年921大地震造成埔里國中學校建物全倒。災後由慈濟慈善事業基金會撥款1億8,548萬元進行校舍重建，由陳明雄建築師事務所監造、泰有營造有限公司承包施工。2000年7月10日開工，2001年9月30日完工。校園重建期間，全校師生於1999年11月8日正式遷入位於近南環路的新生路旁由教育部發包興建的62間簡易教室上課。埔里國中師生在簡易教室上課至2001年8月才回到已重建完成的學校上課。
重建工作大致告一段落時，慈濟中區慈誠隊的師兄便進駐埔里國中，協助包括舖設連鎖磚、植草、校園綠美化景觀工程的前置作業等工作。從臺北前來的200多位慈濟慈誠師兄及志工們也協助學校拆除簡易教室，並將拆下來的簡易教室建材分類擺放整齊，以便將之運送到桃芝颱風災區，重新組裝興建做為災民暫時安頓之所。
