1999年921地震，重創南投縣境內十幾個鄉鎮，埔里也成重災區之一，地震造成埔里鎮學校傾倒殆半，滿目瘡痍。震後，政府與民間團體協力合作，進行「九二一震災校園重建工程」，當時民間團體發起「認養災區中小學重建計劃」，認養重建108所學校，期望讓美麗校園從瓦礫堆中盡快再站起來，其中慈濟慈善事業基金會認養的數量最多，多達51所，埔里國中便是其中之一。埔里國中的重建，從地震隔年便開始。
921地震造成埔里國中學校建物全倒。災後由慈濟慈善事業基金會撥款1億8,548萬元進行校舍重建，由陳明雄建築師事務所監造、泰有營造有限公司承包施工。2000年7月10日開工，2001年9月30日完工。
埔里國中校園重建希望工程推動之前，必須將所有危險建物拆除，而這些建物當中的文書、設備等物品，也必須先搬離。當時埔里國中是暫時先將這些學校物品依類別、單位分類清楚，放置於比較晚才進行拆除的活動中心，即大禮堂，待其他建築陸續完工後，才將這些物品歸位。等到換活動中心要拆除前，再將剩餘未歸位的物品搬至學校適當空間放置。這樣搬來搬去的經歷，不只有學校文書與設備，在921校園重建過渡時期，人，全校師生也會因校舍建物的陸續完工而幾經搬遷，這也成為學校師生難忘的共同記憶。
