1999年9月21日凌晨1點47分發生芮氏規模7.3的大地震，因震央在南投縣境內，南投縣受創最重，埔里也是重災區之一，計有400多棟房屋倒塌，1萬2千多戶全倒半倒，埔里鎮許多公家機關如鎮公所、警察局、衛生所、稽徵所等，也一夕之間倒塌。
財政部中區國稅局南投分局於1992年9月1日成立，下轄埔里稽徵所、竹山稽徵所。埔里稽徵所舊址位於大城路10-1號，今埔里鎮立幼兒園現址。稽徵所設主任1人，下設營所遺贈稅股、綜所稅股、銷售稅股、服務管理股等4股，負責業務涵蓋埔里、國姓、魚池、仁愛等4鄉鎮。
1999年921地震造成稽徵所舊辦公廳舍倒塌，於是遷移至南投縣綜合性身心障礙福利復建服務中心辦公，2004年埔里聯合行政園區完工落成後，即遷移至埔里聯合行政園區新址辦公。2004年11月21日由南投縣政府主辦埔里行政園區內各機關正式的啟用典禮。國稅局埔里稽徵所的辦公大樓，位於埔里聯合行政園區面向中山路的4層樓大樓，即B棟的3、4樓。
