1999年9月21日凌晨1點47分發生芮氏規模7.3的大地震，因震央在南投縣境內，南投縣受創最重，埔里也是重災區之一，計有400多棟房屋倒塌，1萬2千多戶全倒半倒，埔里鎮許多公家機關如鎮公所、衛生所、地政、戶政事務所、稅捐處等，也一夕之間倒塌。這些倒塌的公家單位原為個別建物，在地震後集中重建為「埔里聯合行政區」。

埔里聯合行政園區原為日治時期舊宿舍區，1999年921地震後，南投縣政府將埔里地政事務所、埔里戶政事務所、埔里鎮衛生所、財政部中區國稅局埔里稽徵所、南投縣政府稅務局埔里分局等單位集中於現址，成立埔里聯合行政園區。於2004年11月21日由南投縣政府主辦埔里行政園區內各機關正式的啟用典禮。

埔里聯合行政園區的左前方並設有一處「鎮民會館」的空間，南投縣政府為營運、管理埔里聯合行政園區鎮民會館以發揮最大利益，於2007年2月12日訂定〈南投縣埔里聯合行政園區鎮民會館營運暨管理規則〉，於第3條規定「鎮民會館管理機關由南投縣政府稅捐稽徵處埔里分處、南投縣埔里地政事務所、南投縣埔里鎮戶政事務所、南投縣埔里鎮衛生所以協商方式輪值擔任，負責鎮民會館之經營、管理及爭議申訴之處理。」