1999年9月21日凌晨1點47分發生芮氏規模7.3的大地震，因震央在南投縣境內，南投縣受創最重，埔里也是重災區之一，計有400多棟房屋倒塌，1萬2千多戶全倒半倒，埔里鎮許多公家機關如鎮公所、警察局、衛生所等，也一夕之間倒塌。
埔里衛生所的前身為1947年10月成立的臺中縣衛生院能高分院，設立於埔里鎮南門里中山路二段370號。1948年10月更名為台中縣埔里鎮衛生所，1950年12月南投縣政府成立，更名為南投縣埔里鎮衛生所。1962年4月為因應埔里偏僻地區合成里民眾醫療需求，南投縣政府實施陽明山計畫，設立大坪頂衛生室。
1999年921地震，造成埔里大坪頂衛生室損壞，災後進行修復，仍維持為1層樓辦公廳舍。後來由於考量埔里衛生所人力有限，大坪頂衛生室改為每週二提供門診及預防接種疫苗的服務。埔里大坪頂位於合成里，是一廣大的山坡地，也是全台最大百香果園區，距離埔里鎮中心較遠，居民大部分為百香果農，且這些居民大部分是來自當年台中清泉崗興建機場時的拆遷戶。因大坪頂位在埔里偏郊，距離較遠，故另設衛生室，衛生室門口亦留有埔里衛生所的聯絡資訊，若居民有疑問或緊急需求時，也可以直接與埔里衛生所聯絡。
