1999年9月21日凌晨1點47分發生芮氏規模7.3的大地震，因震央在南投縣境內，南投縣受創最重，埔里也是重災區之一，計有400多棟房屋倒塌，1萬2千多戶全倒半倒，埔里鎮許多公家機關如鎮公所、警察局、消防局、衛生所等，也一夕之間倒塌。

戰後初期（1945年）消防單位本隸屬於各鄉鎮公所。直到1955年消防業務移轉於南投縣警察局，1958年正式納入警察局編制中。1999年3月18日警察及消防單位分隸，南投縣政府消防局正式成立，下轄三大隊。南投縣政府消防局第二大隊埔里分隊前身即「埔里消防隊」，辦公廳舍位於今埔里鎮公所後方，該地原為日治時期的武德殿。1978年將武德殿拆除改建做為埔里鎮公所及消防隊使用。

1999年921地震，造成消防隊辦公廳舍倒塌，災後於埔里鎮南環路600號興建新辦公廳舍，並於2005年6月25日完工落成啟用。