1999年9月21日凌晨1點47分發生芮氏規模7.3的大地震，因震央在南投縣境內，南投縣受創最重，埔里也是重災區之一，計有400多棟房屋倒塌，1萬2千多戶全倒半倒，埔里鎮許多公家機關如鎮公所、警察局、衛生所、稅捐處等，也一夕之間倒塌。
南投縣政府稅務局埔里分局舊稱為「埔里稅捐稽徵處」，隸屬於南投縣政府稅捐稽徵處。1992年部份稽徵業務劃歸國稅局。2008年4月22日配合地方制度法及南投縣政府組織自治條例第9條規定，南投縣政府稅捐稽徵處更名為「南投縣政府稅務局」，埔里稅捐稽徵處改稱為「南投縣政府稅務局埔里分局」，地點位於大城路10-1號。
1999年921地震造成埔里稅務局舊辦公廳舍倒塌，於是遷移至南投縣綜合性身心障礙福利復健服務中心當作臨時辦公處，直到2004年埔里聯合行政園區完工落成後，即遷移至埔里聯合行政園區新址辦公。2004年11月21日由南投縣政府主辦埔里行政園區內各機關正式的啟用典禮。南投縣政府稅務局埔里分局的辦公大樓位於埔里聯合行政園區面向中山路的4層樓大樓，即B棟的1、2樓。
