1999年9月21日凌晨1點47分發生芮氏規模7.3的大地震，因震央在南投縣境內，南投縣受創最重，埔里也是重災區之一，計有400多棟房屋倒塌，1萬2千多戶全倒半倒，埔里鎮許多公家機關如鎮公所、警察局、衛生所、稅捐處等，也一夕之間倒塌。

埔里衛生所的前身為1947年10月成立的臺中縣衛生院能高分院，設立於埔里鎮南門里中山路二段370號。1948年10月更名為台中縣埔里鎮衛生所，1950年12月南投縣政府成立，更名為南投縣埔里鎮衛生所。1962年奉令隸屬於埔里鎮公所附屬機構，1974年7月奉令再度隸屬於南投縣衛生局。 1980年11月遷建於北門里北辰街128號。

1999年921地震造成埔里衛生所辦公廳舍倒塌，幸得力於臺北華僑獅子會資助，在北門里中山路2段230-1號興建一棟鐵皮屋做為臨時辦公場所。位於埔里聯合行政園區的新辦公廳舍於2004年10月11日正式啟用，並於同年11月21日由南投縣政府主辦埔里行政園區內各機關正式的啟用典禮。