1999年9月21日凌晨1點47分發生芮氏規模7.3的大地震，因震央在南投縣境內，南投縣受創最重，埔里也是重災區之一，計有400多棟房屋倒塌，1萬2千多戶全倒半倒，埔里鎮許多公家機關如鎮公所、警察局、衛生所等，也一夕之間倒塌。

日治末期的埔里街役場於1946年改為埔里鎮公所，隸屬於臺中縣政府，1950年南投縣政府成立，埔里鎮公所改隸屬於南投縣政府，轄下原有28里，其後逐漸擴增為33里。埔里鎮公所現址為日治時期的武德殿，1978年將武德殿拆除改建做為埔里鎮公所及消防隊使用的辦公廳舍。1979年埔里鎮公所新辦公廳舍落成啟用。1999年921地震造成埔里鎮嚴重的災情，連埔里鎮公所大樓也全倒。埔里鎮公所於災後原地重建為五層樓辦公大樓，原位於埔里鎮公所後方的埔里消防隊因遷移他處另建新辦公大樓，該地併入埔里鎮公所大樓基地規劃興建。埔里鎮公所大樓重建工程經費6,327萬元，於2002年5月30日完工落成啟用。