1999年921地震造成全台293所中小學倒塌，一夕之間，數以萬計的學生無校可念。震後，政府與民間團體合作，進行「九二一震災校園重建工程」，期望學校盡快從瓦礫堆中再站起來，讓學生早點回到學校上課。 其中，埔里鎮史港國小在地震時也嚴重受損，亟需重建。

史港國小的前身為日治時期1920年（大正9年）創立的「烏牛欄公學校史港分教場」，1924年（大正13年）改稱史港公學校。戰後1946年改稱為「史港國民學校」，1968年（民國57年）改稱為史港國民小學。

1999年921地震，造成史港國小北棟大樓教室14間、廁所2間倒塌。災後由教育部撥經費2,250萬元進行校舍重建，2001年4月25日開工，同年（2001）11月30日完工。史港國小於2002年編輯出版的《南投縣史港國民小學九二一震災校園重建落成七十八週年校慶紀念專刊》當中，也刊載著多張災後校園重建施工過程的珍貴照片，可以看到校園重建過程的艱辛以及校園新貌的型塑過程。