1999年921地震造成全台293所中小學倒塌，一夕之間，數以萬計的學生無校可念。震後，政府與民間合作，進行「九二一震災校園重建工程」，民間團體並發起「認養災區中小學重建計劃」，認養108所學校，期望學校盡快從瓦礫堆中再站起來，讓學生早點回到學校上課。其中，埔里國中由慈濟基金會認養重建。

1999年921地震造成埔里國中學校建物全倒。災後由慈濟慈善事業基金會撥款1億8,548萬元進行校舍重建，由陳明雄建築師事務所監造、泰有營造有限公司承包施工。2000年7月10日開工，2001年9月30日完工。

2001年8月下旬，新的校舍已經初步完工，為迎接新學期的新校園學習環境，校方利用暑假返校日的機會，開始安排學生們協助搬運書籍和教學器材前往新校舍。到了9月3日，埔里國中的學生終於告別在簡易教室裏渡過的700多個學習日子，非正式地搬遷到新校舍上課。從舊照片可以看到學生們在師長的安排指導下，搬著上課桌椅很有秩序地搬往各班新的教室，準備迎接嶄新的學習環境。