1999年921地震造成全台293所中小學倒塌，一夕之間，數以萬計的學生無校可念。震後，政府與民間合作，進行「九二一震災校園重建工程」，民間團體並發起「認養災區中小學重建計劃」，認養108所學校，期望學校盡快從瓦礫堆中再站起來，讓學生早點回到學校上課。其中，埔里國中由慈濟基金會認養重建。

1999年921地震造成埔里國中學校建物全倒。災後由慈濟慈善事業基金會撥款1億8,548萬元進行校舍重建，由陳明雄建築師事務所監造、泰有營造有限公司承包施工。2000年7月10日開工，2001年9月30日完工。

慈濟基金會於1999年10月8日宣布將埔里國中列為第一批認養名單中的學校，次年，2000年7月3日正式舉行動土典禮。慈濟證嚴法師及當時南投縣長彭百顯、議長鄭文銅、立法委員蔡煌瑯、教育局長黃宗輝等皆出席典禮。證嚴法師也致贈埔里國中靜思文化出版的著作一套，由教務主任謝德福代表受贈。