1999年921地震造成全台293所中小學倒塌，一夕之間，數以萬計的學生無校可念。震後，政府與民間合作，進行「九二一震災校園重建工程」，民間團體並發起「認養災區中小學重建計劃」，認養108所學校，期望學校盡快從瓦礫堆中再站起來，讓學生早點回到學校上課。其中，埔里國中由慈濟基金會認養重建。

1999年921地震造成埔里國中學校建物全倒。災後由慈濟慈善事業基金會撥款1億8,548萬元進行校舍重建，由陳明雄建築師事務所監造、泰有營造有限公司承包施工。2000年7月10日開工，2001年9月30日完工。

埔里國中校園重建希望工程動工初期，除了拆除危險建物之外，也必需將校園中陪伴無數學子成長的三層樓高大樹木進行遷移工作，以便校園重建工程的進行。2000年7月8日，被斷根倒地的大樹經過工程人員悉心地層層包裹後，有的暫時遷移至他處種植，或暫時移到附近不妨礙工程進行的空地。從舊照片中可以看到大樹遷移前的前置作業，以及怪手正將大樹吊掛到拖板車的作業過程。