1999年921地震造成全台293所中小學倒塌，一夕之間，數以萬計的學生無校可念。震後，政府與民間合作，進行「九二一震災校園重建工程」，民間團體並發起「認養災區中小學重建計劃」，認養108所學校，期望學校盡快從瓦礫堆中再站起來，讓學生早點回到學校上課。其中，埔里國中由慈濟基金會認養重建。
埔里國中的前身是1943年日治時期成立的「街庄組合埔里家政女學校」，原設於現今的埔里第三市場一帶，1944年改為「臺灣公立埔里女子農業實踐學校」，戰後，1945年底改為「臺中縣立埔里女子家政學校」，由蕭木桂先生擔任校長。1946年遷到現今埔里國中現址，同年4月22日改制為「臺中縣立埔里初級中學」。1950年南投縣成立後，更名為「南投縣立埔里初級中學」。
1999年921地震造成學校建物全倒，災後由慈濟慈善事業基金會撥款1億8,548萬元進行校舍重建，由陳明雄建築師事務所監造、泰有營造有限公司承包施工。埔里國中校園重建希望工程正式動工以來，從挖掘地基，捆綁基礎鋼筋、樓地板灌漿、鋼骨建築結構組裝等各階段重建工作嚴謹且迅速地進行。2000年2月22日便完成鋼骨結構主體，舉行上樑典禮；7月10日開工，2001年9月30日完工。
