1999年921大地震造成全台293所中小學倒塌，一夕之間，數以萬計的學生無校可念。震後，政府與民間合作，進行「九二一震災校園重建工程」，民間團體並發起「認養災區中小學重建計劃」，認養108所學校，期望學校盡快從瓦礫堆中再站起來，讓學生早點回到學校上課。其中，埔里國小由慈濟基金會認養重建。
1999年921大地震，造成埔里國小校舍嚴重損壞，災後由慈濟慈善事業基金會撥款1億9,749萬元進行校舍重建。2002年元月14、15日兩天，埔里國小2,800位學生歡樂地陸續搬進嶄新的教室，老師們也帶領學生列隊整齊，有秩序地認識新校園，許多家長也都來學校幫忙，從組合屋臨時辦公室將電腦搬至貨車上，載運到新的辦公室。學生們也在老師的帶領下，同心協力地將已裝箱的物品搬到新的校舍。
在簡易教室上課兩年多後，全校師生終於有新教室，大家都帶著輕鬆愉快的心情，沈浸在「入新厝」的喜悅當中。
