1999年921大地震造成全台293所中小學倒塌，一夕之間，數以萬計的學生無校可念。震後，政府與民間合作，進行「九二一震災校園重建工程」，民間團體並發起「認養災區中小學重建計劃」，認養108所學校，期望學校盡快從瓦礫堆中再站起來，讓學生早點回到學校上課。其中，埔里國小由慈濟基金會認養重建。

埔里國小的前身為1898年（明治31年）所創立的「南投廳埔里社公學校」，校址原位於今埔里第三市場，1935年（昭和10年）遷移至現址。戰後初期1946年改稱為「臺中縣立埔里第一國民學校」。1950年（民國39年）南投縣成立，改稱為「南投縣埔里第一國民學校」。

1999年921大地震，造成校舍嚴重損壞，災後由慈濟慈善事業基金會撥款1億9,749萬元進行校舍重建。校園重建希望工程動土典禮於2000年7月3日舉行，慈濟證嚴法師、當時行政院政務委員黃榮村、南投縣縣長彭百顯、南投縣議長鄭文銅等人皆出席典禮。