1999年921大地震造成全台293所中小學倒塌，一夕之間，數以萬計的學生無校可念。震後，政府與民間合作，進行「九二一震災校園重建工程」，民間團體並發起「認養災區中小學重建計劃」，認養108所學校，期望學校盡快從瓦礫堆中再站起來，讓學生早點回到學校上課。其中，埔里國小由慈濟基金會認養重建。
埔里國小是埔里鎮最早成立的小學，1898年日治初期創立時的名稱為埔里社公學校。1999年921地震發生後，埔里國小的校園重建是佛教慈濟基金會自籌經費援建的埔里鎮4所國中小學之一。2002年5月28日校園重建完工，舉行落成啟用典禮。
校方當時以黃坤練校長名義，樹立「埔里國民小學校園重建工程誌」，說明埔里國小遭逢921地震後，由慈濟基金會認養援建，從2000年7月3日動工，2002年5月28日竣工落成啟用。並羅列認養單位慈濟基金會、負責人證嚴上人、總工程造價新臺幣三億元、經費來源慈濟基金會全額資助、設計監造陳明雄建築師、營造廠興亞營造工程股份有限公司、負責人卓炳文等資訊。
