1999年921大地震造成全台293所中小學倒塌，一夕之間，數以萬計的學生無校可念。震後，政府與民間合作，進行「九二一震災校園重建工程」，民間團體並發起「認養災區中小學重建計劃」，認養108所學校，期望學校盡快從瓦礫堆中再站起來，讓學生早點回到學校上課。其中，埔里國小由慈濟基金會認養重建。
埔里國小是埔里鎮最早成立的小學，1898年（明治31年）創立時的名稱為埔里社公學校。1999年921地震發生後，埔里國小的校園重建是佛教慈濟基金會自籌經費援建的埔里鎮4所國中小學之一。
2002年埔里國小重建完工，並於5月28日在嶄新的校園舉行落成啟用典禮，校方也以當時黃坤練校長名義，樹立「南投縣埔里國民小學重建紀念碑」，由劉再脩捐贈石心一片，蘇洵明老師撰文，王勝厚老師書法，碑文以4字為一句，共78句，共計312字，內容記載學校創立沿革、經歷921地震的損壞，也特別感謝慈濟捐建的大愛，帶給師生煥然一新的校園學習環境。碑文中提到埔里國小為埔里鎮首學，師長們教化子弟有成，人才濟濟。九二一地震發生後，學校成為斷坦殘壁，經黃坤練校長帶領教職員工們努力辛苦重建。
