1999年921大地震，重創南投縣，埔里鎮是重災區之一，災情慘重，約400多棟房屋倒塌，不少埔里的寺廟也被震垮。其中佛教聖地靈巖山寺本欲開辦興建學校的計畫，也因此受到波及，而委請其他佛教團體辦理。

宗教團體建校辦學，在台灣時有所聞，1997年臺糖公司同意將位於水頭段土地出租給靈巖山佛教基金會供做辦學校地，1999年9月9日函請靈巖山佛教基金會儘速於6個月內向主管機關取得學校設立許可，逾期視同放棄租地權益。不料9月突然發生921地震，靈巖山佛教基金會考量短期無法順利推動，遂委請佛光山文教基金會接手辦理，獲得星雲老和尚同意接手繼續辦理，將原定學校名稱更名為「南投縣私立均頭國民中小學」，向南投縣政府提出設校申請，並於2000年3月9日獲南投縣政府同意設校，同年4月7日獲教育部回函同意設校事宜。2004年8月正式招生。

校名「均頭」二字，有「人人頭上一片天，人人均能出頭天」的特殊含義，指每個學生都能成功，是一所強調國際教育，無國籍限制的國際學校。