1999年921大地震造成許多學校倒塌，震後，政府與民間團體協力合作，進行「九二一震災校園重建工程」，期望讓美麗校園從瓦礫堆中重新再站起來。當時民間團體發起「認養災區中小學重建計劃」，認養重建108所學校，其中以慈濟慈善事業基金會認養的數量最多，多達51所，埔里國中便是其中之一。

埔里國中的前身是1943年日治時期成立的「街庄組合埔里家政女學校」，原設於現今的埔里第三市場一帶，1944年改為「臺灣公立埔里女子農業實踐學校」，戰後，1945年底改為「臺中縣立埔里女子家政學校」，由蕭木桂先生擔任校長。1946年遷到現今埔里國中現址，同年4月22日改制為「臺中縣立埔里初級中學」。1950年南投縣成立後，更名為「南投縣立埔里初級中學」。

1999年921大地震造成學校建物全倒。災後由慈濟慈善事業基金會撥款1億8,548萬元進行校舍重建，由陳明雄建築師事務所監造、泰有營造有限公司承包施工。校園重建首先必須將危險建築物全部拆除。從埔里國中所保存的921地震舊照片可以看到教學大樓、大禮堂、司令臺等建物逐一被大型拆除機具拆除的情形，以及校園建物全部拆除後的空盪平地景象。埔里國中重建工程於2000年7月10日開工，2001年9月30日完工，完工之後，全校師生總算能再回到美麗校園上課。