1999年921地震，重創南投縣境內十幾個鄉鎮，埔里也成重災區之一，地震導致埔里鎮許多房屋倒塌損毀，鎮上的許多學校也滿目瘡痍。震後，政府與民間團體協力合作，進行「九二一震災校園重建工程」，期望讓美麗校園從瓦礫堆中重新再站起來。當時民間團體發起「認養災區中小學重建計劃」，認養重建108所學校，埔里鎮桃源國小便是其中之一。
桃源國小的前身為1951年（民國40年）9月成立的溪南國民學校桃米分班，1952年（民國41年）9月獨立設校為桃源國民學校，1968年（民國57年）8月改稱為桃源國民小學。
1999年921大地震，造成校舍嚴重損壞。地震過後，經過第一時間的搶救工作，並將危險教室內物品搬空之後，即進行重建第一階段的危險建物拆除工作。從舊照片可以看到大型拆除機具正進行危險教室樑柱及牆面的拆除作業，大型拆除機具大力敲打著屋樑，揚起陣陣灰塵，已拆除的屋頂及牆面水泥及磚塊散落一地，夾雜著散落的鋼筋，學校舊校舍的身影也隨之走入歷史。
