1999年9月21日，芮氏規模7.3的921大地震，重創南投縣境內十幾個鄉鎮，埔里也成重災區之一，強震導致埔里鎮1萬2千多戶全倒或半倒，鎮上許多學校也滿目瘡痍。震後，災區極需要大量的人力、物力支援，軍方因此大規模進入災區投入救災工作，並選定埔里國中大操場做為國軍救災指揮中心，以進行物資及人力的調度。

埔里國中的前身是日治時期1943年（昭和18年）創立的「埔里家政女學校」，戰後初期1945年改稱為「台中縣立埔里女子家政學校」，由蕭木桂先生擔任校長。次年（1946）4月22日改制為「臺中縣立埔里初級中學」。1950年南投縣成立後，更名為「南投縣立埔里初級中學」。

1999年921地震造成埔里國中建物全倒，地震發生後，軍方選定埔里國中的大操場做為設置國軍救災指揮中心的地點。當時為能將物資載送到交通中斷的偏遠山區，必須依賴直昇機的載運。從舊照片可以看到國軍弟兄與民眾合力接駁將物資傳到直昇機上，裝載完成即起飛運送到偏遠地區。當時總統李登輝也曾經前來國軍救災指揮中心視察。