1999年發生的921地震，重創南投縣境內十幾個鄉鎮，埔里鎮也成重災區之一，地震導致埔里鎮400多棟房屋倒塌損毀，鎮上的許多學校也全倒，滿目瘡痍。震後，政府與民間團體協力合作，進行「九二一震災校園重建工程」，期望讓美麗校園從瓦礫堆中重新再站起來，埔里鎮史港國小的重建也是其中之一。
埔里鎮史港國小是一所有歷史的學校，前身為日治時期1920年（大正9年）創立的「烏牛欄公學校史港分教場」，1924年（大正13年）改稱史港公學校。戰後1946年改稱為「史港國民學校」，1968年（民國57年）改稱為史港國民小學。921地震後，史港國小校舍嚴重損毀，北棟大樓教室14間、廁所2間倒塌。從舊照片可以看到地震時劇烈搖晃導致教室柱子的水泥塊剝落、鋼筋外露，更嚴重者造成柱子外露的鋼筋扭曲變形。風雨操場一角的儲藏室牆面上方也倒塌，磚塊散落一地，滿目瘡痍，亟待重建。
災後，史港國小由教育部撥經費2,250萬元進行校舍重建，2001年4月25日開工，同年（2001）11月30日完工，全校師生終於能回到美麗校園上課。
