位於埔里鎮水頭里的靈嚴山寺是埔里重要的佛教寺院，1999年921大地震時，其寺廟主體也遭損毀，所幸當時全寺僧俗大眾三百餘人全數毫髮無傷，安全遷離；唯因山上硬體建築不堪使用，一切接眾佛事皆告暫停。

靈巖山寺由開山方丈妙蓮老和尚所創立。妙蓮老和尚於1981年從香港來臺灣定居弘法，於善信擁護下，於1984年購得寺院現址，1986年創建靈巖山寺。

本來，靈巖山寺從1996年開始，便著手辦學工作，臺糖公司同意將位於水頭段土地出租給靈巖山佛教基金會供做辦學校地，初訂校名為「南投縣私立靈巖國民小學」，後改為「南投縣私立均堤國民小學」，然而因這場世紀大地震的發生，原訂辦學計畫產生變數，為避免辛苦爭取租用的臺糖校地因辦學時限而失效，靈巖山佛教基金會於是向佛光山星雲老和尚表達希望佛光山能接續辦學工作。此期望獲得星雲老和尚應允，因此後來辦學工作得以在佛光山文教基金會接辦下繼續開辦成立學校，也就是現在的均頭國中小。