埔里衛生所原址設於埔里鎮南門里中山路二段370號,協助埔里鎮民相關防疫、衛教與保健工作。921地震發生,將埔里衛生所原本的辦公房舍震毀。房舍震毀後,為了讓衛生所於震災救援與重建過程中能夠繼續原有的工作職能,在國軍的協助之下,於埔里鎮中山路二段230-1號,興建一座鐵皮屋,作為埔里衛生所的臨時辦公處所。
2004年10月18日,位於埔里鎮中山路二段256號的埔里鎮聯合行政園區落成後,埔里衛生所便與地政事務所、戶政事務所、埔里稅捐稽徵所,共同搬入聯合行政園區內,繼續提供民眾相關服務。
衛生所在地震當時提供民眾許多醫療服務,透過國軍協助搭建的臨時辦公室,讓衛生所在房舍尚未重建前,還能夠有臨時場所提供各項醫療服務,等待行政園區落成後,衛生所才搬入正式的建物中提供服務。
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