921地震時，埔里媽祖廟恒吉宮後殿400噸重的橫樑應聲斷裂，掉落在三樓的地板上。但當時媽祖廟的整體廟體並無嚴重毀損，僅有三樓樑柱斷裂，拆除的重型機具因為沒有足夠的空間進行拆除作業，而改採以千斤頂的方式進行簡易的結構增強與修復工作，並在2004年完成廟體的重建工作。

位在埔里鎮市中心的恒吉宮，是埔里鎮上的重要信仰中心，主祀天上聖母，也就是俗稱的媽祖，埔里人都以媽祖廟稱之。

恒吉宮媽祖廟是埔里鎮最早的媽祖廟，921地

媽祖廟在完成廟體的重建後，隨即於當年進行埔里鎮的三獻清醮法會，祈求埔里鎮鎮民能夠度過地震後的傷痛，並且能夠趕緊回到日常的生活。這個震後的清醮法會對於埔里鎮鎮民來說意義格外重大，也有撫慰眾人之心的重要目的。