瀛海城隍廟921地震時廟體受到嚴重震毀，三層樓的建築因為地震全數倒塌，是921地震當時埔里全倒的廟宇之一。

在921地震前，堪稱埔里鎮上最為雄偉的廟宇，總共有三層樓的建築，但也因為廟宇的建築物體積大，導致地震來襲時，大面積的搖晃造成廟體嚴重受損，是埔里鎮上受損最為嚴重的廟宇。

城隍廟的災後廟體重建工程，也是埔里鎮鎮損的廟宇中最為艱辛的，歷經20年的辛苦重建，2019年埔里瀛海城隍廟終於重建落成，落成的喜悅也擴散到全台各地的城隍廟與。瀛海城隍廟於災後重建落成後，邀請全台各地的城隍爺一同來到埔里，舉行遶境祈福法會，一起歡慶城隍廟歷經漫長的重建終於完工。