位在愛蘭台地上的醒靈寺，921地震後廟宇建築體受到嚴重震毀，廟頂上的瓦片掉落，主建物梁柱受損，讓醒靈寺成為受地震損害嚴重的廟宇之一。

醒靈寺是埔里少數歷經兩次大地震的廟宇，建廟於民國前13年的1898年；第一次是在1916年，日治時期的大正五年年間，震毀重建後更名為「醒化堂」。921地震則是醒靈寺建廟後，廟宇建築再次受到大地震的關係多處震毀受損。

雖然醒靈寺在921地震後廟體受損嚴重，但醒靈寺在全體董監事上下一心的努力之下，將廟宇重建完成，並將所剩餘的善心捐款，全數捐給慈濟基金會，協助慈濟基金會進行其他的震災重建事宜。