慈生宮藥籤係依據「博濟仙方」所製作，該書是中國歷代通曉醫理之先賢彙整之藥書，流傳於粵閩地區，傳至台灣年代不明；本書因與民間神道宗教合流，常托名呂洞賓所著，又名：「呂帝仙方」；或稱：「度人仙方」。醫教合流下，書中首列出運勢籤一百條，其次針對地區藥材取得困難缺無，略有斟酌損益，對照表也勘列於書內，最後方為藥籤正文。

慈生宮籤詩櫃位在三川殿內，近左方虎門旁邊，貼靠牆壁擺放，面朝內殿，櫃頂上方放置三個籤筒及筊杯等物件，黑色大籤筒為藥籤，內置籤籌100隻。籤籌以竹為材質，上方籤頭略削出葫蘆曲線，便於抽取。籤籌頭尾長46公分，寬1.2公分，每隻竹籤中央處刻字，註明籤號數，例如十五籤、八十三籤等。

藥籤分為五科：男科、婦科、幼科與外科各壹佰方，眼科五十三方。目前藥籤櫃內擺放的籤詩每張長12公分，寬5.2公分，淡綠色書面紙印刷，為北投洪潤國術館印贈。

各科藥籤的內容概分為四類：

１、起首詩文，談修身養性，與藥方並無直接關聯，各科第一方都屬於此類。

２、主籤詩為病症描述，籤詩旁另附藥方，含用量與煎法。

３、籤詩本身即為藥方。

４、勸善文，這一類重點在重抽，重抽方式有再求、後三日另求方等。