晶晶書庫現位於羅斯福路三段210巷8弄8號1樓，該標的為華人地區首家同志書店，專門販賣LGBT相關書籍與產品，因位在國立臺灣大學公館學區，消費客群以知識份子及大專院校生為主，也是其他縣市及外國同志、性別研究學者至臺北觀光時的必訪地點之一。1999年1月1日由賴正哲創立，初期地址位在台北市羅斯福路三段210巷8弄7-14號。2000年1月1日，同志主題咖啡館「晶晶咖啡」在書店對面8弄12號開幕（2003年結束營業，由同志友善咖啡廳h’ours接手經營）。2001年4月，同志主題藝廊「晶晶藝廊」在書店隔壁8弄7號開幕，2005年和書庫合併，2020年改至現址。

2000年7月開始，晶晶書庫創辦人賴正哲以書庫為據點，聯合公館商圈店家推動「公館彩虹社區」計畫，開啟社會和同志的對話，打造同志友善社區。晶晶書庫的創立，源自於1997年至1998年台北街頭接連發生同志遭圍捕和店家打壓同志事件，賴正哲以美國頗負盛名的「異光書店」（A Different Light）、卡斯楚街等同志社區文化作為借鑒，打造了同志為發聲主體的書店。書店之名起源於賴正哲認為，「晶晶」二字是台灣四處可見的名稱，既有大街小巷無所不在的存在感，又如漫畫裡反派人物打破保守社會思想的力量，就像同志族群面對社會輿論壓力的強韌生命力；同時，若以造字結構看，「晶晶」二字由六個日組成，期望書庫能以六個太陽的耀眼光芒給予同志夜晚以外的白天行走權，成為讓同志自在發光的場所。