女書店，店址位於台北市大安區新生南路三段56巷7號2樓，其誕生與台灣第二波婦女運緊密相關。1982年「婦女新知雜誌社」成立，許多董監事曾有另闢女性書店的念頭，但始終未成形。1993年，婦女新知基金會董事鄭至慧邀請剛從美國回台即投入婦運的蘇芊玲一起共商籌劃開書店。她們都曾參觀過美國各地的女性書店，以觀察經驗提出構想，獲得贊同後展開集資，同年5月籌備工作開動，股東除了新知董監事，也包含婦女研究室、女學會、晚晴、主婦聯盟、袋鼠媽媽讀書會等會員及親友共30幾位，其中跨三代的婦運姊妹如李元貞、鄭至慧、吳嘉麗、蘇芊玲、王蘋、丁乃非、紀欣等人，女書店於1994年4月17日正式開張。

「女書店」的英文名稱「fembooks」，由股東丁乃非命名，fem有女性主義、女性、女性特質等多重意義，小寫的第一個字母也顯示不獨大不以自我為中心的想法。「女書店」三個字由書法家董陽孜親題。內部空間不足30坪，規劃有三區：咖啡區、書本展售區、內部辦公室，與婦女新知基金會共用辦公室至1997年。女書店以其選書為特色，鼓勵小眾刊物的創作發行，亦有各婦運團體出版品、研究生論文、校園社團小報、自費素人作家作品、同志社群刊物等，店內可找到《愛報》、《女朋友》、《同言無忌》、《島嶼邊緣》，台大女研社出的《女聲》、《潘朵拉的盒子》、《誤解小辭典》等。

女書店除了營運門市，也在1996年成立「女書」出版部，首先開闢二書系：「女書」以及「女抒」，前者為理論、議題介紹，後者為女性創作，後陸續增加了「性別教育」、「青春少女」、「男性研究」與「同言同語」等書系。

不同於美國的女書店大多由女同志經營，台灣女書店的顯性主體是婦運人士，但自始即以「性別友善」的氛圍吸引許多女同志到此朝聖。書店更常免費出借場地給「我們之間」、「同志空間行動陣線」等團體舉辦活動，如書店成立之初，女同志團體如「我們之間／《女朋友》雜誌」有時便以書店作為開會的場所。女書店的存在，對於早年的同志而言，是少數能大方詢問《女朋友》新刊的地方，還有精彩萬分的「留言簿」作為聯誼交流的場所，可以是為孤單青少年同志所留的一盞燈，高中輔導老師取材的去處，亦可是讓櫃父母了解孩子的知識寶庫。