1890年（清光緒16年），北斗街保甲局長武秀才陳作舟（字文柏），創立漢學書房「文筆舍」於奠安宮西側廂房。日本領臺後，於1896年（明治29年）3月31日關閉文筆舍。1898年（明治31年）臺灣總督府廢除文筆舍，同年3月彰化國語傳習所在北斗街設置北斗分教場，修繕文筆舍舊書房做為教室，4月2日開學。1898年（明治31年）10月1日國語分教場廢除，改名為「北斗公學校」，學制6年，為北斗現代化教育之濫觴。

　　1902年（明治35年）北斗守備隊撤廢，北斗公學校首屆4年級學生搬離奠安宮，移至撤廢守備隊民房充當教室。1910年（明治43年）9月26日新建校舍落成，並舉行校慶典禮，此為第一代北斗公學校校舍。1912年（大正1年）9月16日因狂風暴雨，新建校舍於晚間倒塌。1914年（大正3年）12月1日，第二代校舍新建落成並舉行創校16周年慶典。

　　第二代校舍歷經近80寒暑，空間不敷使用，1992年（民國81年）將第二代校舍拆除，新建行政大樓，於1993年（民國82年）11月竣工，為北斗國小第三代新式校舍。