《性別平等教育季刊》中提及，1999年關注性別教育的民間團體與教師專業社群「同志公民權推動聯盟小組」舉辦了「如何推動校園同志教育」論壇。然而在同志教育開始被意識到的時刻，以及《兩性平等教育法》草案還在籌劃的期間，2000年4月20日屏東縣發生中學生葉永鋕長期因性別氣質而遭霸凌的命案，促使教育機關與立法機關正視性傾向、性別認同、性別氣質等「多元性別」的存在，終於在2004年6月4日立法院三讀通過《性別平等教育法》，並於6月23日由總統頒布後正式實施。
《性別平等教育法》內容包含第一章總則、第二章學習環境與資源、第三章課程與教材以及教學的內涵、第四章校園性侵害或性騷擾之防治、第五章申請調查及救濟、第六章罰則、第七章附則。保障不同性別特質與性傾向的學生與教職員的學習權及工作權，並將校園性別事件處理與調查流程制度化，且積極提供教育預防之準備。
《性別平等教育法施行細則》中第13條把「同志教育」納入性別平等教育相關課程，此條文如下：「本法第十七條第二項所定性別平等教育相關課程，應涵蓋情感教育、性教育、認識及尊重不同性別、性別特徵、性別特質、性別認同、性傾向教育，及性侵害、性騷擾、性霸凌防治教育等課程，以提升學生之性別平等意識。」2005年「社會學習領域七至九年級基本內容」草案出爐，將增加教導國中學生何謂安全性行為、性自主觀念及規範、尊重同性傾向。
