慈航寺建在北投關渡，背山面海，遠望有觀音山，風景絕佳。本寺是在大正三年十月由陳萬力先生所創設，他曾以這裏當作自宅，充當為佛堂稱為飛龍寺，安置觀音菩薩。自從陳萬力去世以後，廟宇完全荒廢，信者絕跡，直到昭和二年，有位從鼓山湧泉寺來臺的僧侶，看到本寺的廢頹，於是與莊輝玉、郭烏隆及郭木榮等人商量，互相籌措一萬圓改建之，並移轉新址至此，改名慈航寺。昭和七年，管理人莊輝玉投資私財一萬元，於寺的左方建立納骨奉安塔，提供一般貧困的信徒能夠免費納骨安葬。