在日人的文獻中方曾記載:「領台當時，清軍撤退，置有水雷，然不知何故，突然爆發，廟宇大為被害。」因此，明治三十年（1897），張金發與江忠良、林榮欽等人提議重修奠濟宮，捐募二千五百圓後動工修建，並購置外木山數公頃土地做為奠濟宮廟產（今台肥一廠附近）。同年張金發被推舉為首任奠濟宮管理人。不久，張金發因年邁為由卸任奠濟宮管理人一職，繼由基隆巨富林榮欽先生接任管理。大正十二年（1923）廟宇因出現蟻害．瀕臨危險，鑑於有損神威，於是有重建之議，乃由管理人林榮欽之子林冠世統籌，花費四萬圓，建築前殿、正殿及後殿。而後殿即為古廟清甯宮，據說是當時為了節省奠濟宮重建費用，才將清甯宮原東向改朝北向，合併為一。