文昌閣是清康熙年間，巡道陳璸依福州府學奎光閣體式所修建，奉祀文昌帝君，並做為台灣府學的藏書之所。這是孔廟建築組群中，唯一塔狀的建築物。文昌閣高三層，形制相當特殊，從圓形的基座往上，第1層為方形，第2層為圓形，第3層為八角形，不同的造形趣味，可能蘊涵著「天圓地方，文昌與孔聖之德光被八宇」之意。此閣在清代與赤嵌樓同為府城最高的樓房，亦是知名的攬勝之處。民國68年，文昌閣因年久失修而傾頹，台南市政府於是將其拆除，再以部分水泥結構的方式重新修建，成為今貌。目前內部亦不對外開放。