澎湖孔廟前身即是文石書院，是澎湖最早的文化傳播地，位於馬公市東郊，是清乾隆31年（1767），第十八任澎湖通判胡建偉所創建。取名「文石書院」蓋因文石是澎湖特產，顏色五彩繽紛，文富變化，而欲以石文期人。文石書院初建時規模宏大。一進，前為頭門三間，中架為樓，樓上祀魁星之神。中為講堂，後為後堂，中祀文昌之神。東西兩翼有精舍各十，為諸生讀書的處所。書院後來又經歷任通判的數次重修，互有所增刪。到光緒21年（1895），日人佔據澎湖後，地方人士為保存民族固有文化，將書院改為「孔子廟」。