清水巖祖師廟與艋舺龍山寺、大龍峒保安宮，並稱與「臺北三大廟門」。廟內奉祀之清水祖師，傳說甚多，根據文獻記載，清水祖師，又稱麻章上人、蓬萊祖師、烏面祖師、落鼻祖師、清水真人和昭應大師。誕生於宋朝福建永春縣，俗姓陳，名應，也名昭。其施醫濟藥，為民祈雨救旱，鄉民為表感激，在其居住的蓬萊山石室建精舍，名為清水巖，成為安溪地方的守護神。據說每逢天災巨變前，便會落鼻示警，因此又有「落鼻祖師」尊稱。艋舺清水巖在日治時期曾充當為學校，後來也曾設立州立二中，即今成功中學前身，在台北教育史上亦有重大意義。