原在諸羅縣外九莊笨港街，清康熙三十九年（1700）由當地居民合建，主祀湄洲媽祖（俗稱船仔媽）。康熙末年改名笨港天后宮，並經多次重修。嘉慶四年（1799），笨港溪氾濫，笨港市街被分為笨南港及笨北港，天后宮也被洪水沖毀，廟內神明及文物暫時移到麻園寮（後稱新南港，即今新港）肇慶堂內安奉。當時有住持景瑞發起建廟，經福建水師提督王得祿捐俸及十八庄人士共同捐貲，於嘉慶十七年（1812）落成，名為「奉天宮」。奉天宮內供奉乾隆年間山洪漂流的樟木刻成的大媽、二媽及三媽神像。但因當時溪水阻隔，笨北港信眾朝拜相當不便，經王得祿協議後，將大媽留本宮，二媽分祀北港朝天宮，三媽暫供於提督公館，俟新港六興宮建成後移駕供奉。現存的新港奉天宮，坐北朝南略偏西，是一座三開間四進帶左右護龍及鐘鼓樓的建築。三開間的前殿，正面以石雕為主，前後檐各有精雕石柱一對，前檐為八仙蟠龍柱，後檐為花鳥柱。中門彩繪升降龍門神，左右山牆均用石堵，次間後檐安蟠龍壁柱，是他廟所罕見的風格。正殿主祀聖母媽祖，後殿主祀觀音菩薩，配祀文殊、普賢，左奉福德正神，右註生娘娘及八位婆娘；左右翼殿配祀文昌帝君及關聖帝君；左右護龍廳供奉笨港城隍及功德主王得祿、檀越主林溪和等長生祿位；第四進則為新建的凌霄寶殿，不論格局或造形均與古蹟原制相去甚遠。